Kühe sind in der Lage, im Pansen beschränkte Mengen Mykotoxine unschädlich zu machen. Grundvoraussetzung dabei ist jedoch, dass die Kühe über einen gesunde Pansen verfügen. Bestimmte Mykotoxine haben jedoch einen sehr negativen Einfluss auf die Pansenflora, wodurch die Fähigkeit, Mykotoxine unschädlich zu machen, vermindert wird, sowie vor allem auch Verdauungsprobleme verursacht.

Da die Futterationen des Milchviehs aus einer großen Vielfalt von Futtermitteln, wie z.B. Roh- und Kraftfutter besteht, werden Kühe einem Mix von Mykotoxinen ausgesetzt. Mykotoxine stammen von Schimmeln, von denen die Fusariumschimmel auf Mais und Getreide die bekanntesten sind. Sie wachsen grundsätzlich auf der lebenden Pflanze und produzieren unter anderem die Stoffe Zearalenon (ZON) und Deoxynivalenol (DON). In eingemietetem Gras sind es hauptsächlich die unterschiedlichen Sorten Penicillin-Schimmel, die Probleme verursachen. Die Toxine dieser Schimmel haben eine antibiotische Wirkung, die die Funktion der Pansenbakterien beeinträchtigt. Dadurch kommt die Funktion des gesamten Pansens unter Druck. Diese Schimmel werden mit eingemietet und werden aktiver je länger das Futter in der Miete gelagert wird. Das Wachstum der Schimmel ist zwar ein langwieriger Prozess, aber Penicillium kann sich in Silofutter, auch bei einem niedrigen pH-Wert, problemlos entwickeln. Insbesondere die Bedingungen im Frühjahr (vor allem die Kondenswasserbildung im Silo) fördern das Wachstum des Schimmels, was dazu führt, dass die meisten Probleme ab Februar bzw. März auftreten (Fink-Gremmels, 2011).

Für bestimmte Mykotoxine, wie z.B. Ochratoxin A, T-2 Toxin, Diacetoxyscirpenol und Deoxynivalenol ist der Pansen eine entgiftende Barriere, wobei Protozoen den aktivsten Beitrag leisten. Aus diesem Grund wird häufig angenommen, dass Rinder gegen die schädlichen Effekte von Mykotoxinen immun sind. Dabei müssen jedoch andere Aspekte berücksichtigt werden, bevor man die Effekte von Mykotoxinen bei Rindern negiert. Zum Ersten sind die metabolen Nebenprodukte bestimmter Mykotoxine, insbesondere von Aflatoxin und Zearalenon (Dänicke et al., 2005), ebenso schädlich oder noch schädlicher als das ursprüngliche Molekül. Zweitens muss grundsätzlich der ungünstige Einfluss von Mykotoxinen auf die Pansenaktivität und die Mikroflora berücksichtigt werden, und zwar noch bevor diese Toxine beim Tier selbst Wirkung zeigen (Fink-Gremmels, 2008). Rückgängige Pansenbewegung, Trockenstoffmasse, ADF- und Stärkeverdaulichkeit und mikrobielles Wachstum sind nur einige der beobachteten Effekte, die bei mit Mykotoxinen verunreinigtem Futter gefütterten Tieren auftreten.

Die hohe Futteraufnahme des Milchviehs, in Kombination mit einer schlecht funktionierenden Mikroflora, entweder aufgrund von unausgewogener Ernährung oder direkt infolge von Mykotoxinen im Futter, bietet Mykotoxinen ideale Bedingungen, um dem mikrobiellen Abbau im Pansen zu entgehen und danach in gleichem Maße wie bei Tieren mit nur einem Magen im Darm absorbiert zu werden. Nach der Absorption wirken die Mykotoxine sich auf vielen Ebenen negativ aus, variierend von verminderter Leistung (Guthrie and Bedell, 1979; Pier, 1981), Fruchtbarkeitsproblemen (Guthrie and Bedell, 1979) bis hin zu hepatotoxischen, karzinogenen und das Immunsystem unterdrückenden Effekten (CAST, 2003; Diekman and Green, 1992).